Sólo se conoce la ubicación de una torre defensiva en este lugar antes de que Sancho el Sabio de Navarra la fundara y le diera fuero en 1182. Se erigió con el fin de fortalecer la frontera con Castilla y estaba ubicada en un punto estratégico de caminos: uno de Armentia a Estella por Monasterioguren, Oquina, Sáseta, Arlucea y Corres; y otro desde la Llanada por el puerto de Azáceta. Entre los siglos XII -XIII pasa a manos de Alfonso VIII, rey de Castilla.
En el año 1377 Antoñana y Santa Cruz de Campezo son entregadas por don Enrique de Trastámara a Ruiz Diaz de Rojas y después a Los Mendoza, Condes de Orgaz, por un casamiento. Las dos villas discutieron la jurisdicción del Conde de Orgaz y, tras un fuerte desembolso en 1635, tuvieron la jurisdicción civil y criminal.
El conjunto está considerado Monumento Nacional de Euskadi. En él sobresale la iglesia de San Vicente Mártir, antiguo templo fortaleza. Por la Senda del Agin llegamos a un vetusto tejo de enormes dimensiones y a la Cueva de los Moros, fuente de numerosas leyendas. Antoñana ofrece una apreciada miel con denominación de origen de la Montaña Alavesa.